Um casal de pesquisadores fica para trás em seu planeta moribundo de Eltria com suas duas filhas, Amitie e Kirie, na esperança de encontrar uma maneira de reviver o planeta. Mas quando o marido Granz adoece parece que seu sonho de reviver o planeta vai morrer. Contra os desejos de sua irmã mais velha, Kirie parte com sua amiga de infância Iris para procurar ajuda em um mundo alternativo distante. Eles chegam ao Japão na Terra para procurar a chave para a regeneração de seu planeta. Lá, eles se encontram com Nanoha, Fate e Hayate
